从此前的物料来看,这一部《忍者神龟》依旧发生在纽约。在这里,四位神龟努力地让人类接受自己,神龟将回归经典的动画造型,但动画风格则有变化,感官像是定格动画。影片讲述忍者神龟四兄弟在远离人类世界多年之后,决定主动出击,希望能够靠他们的英勇事迹赢得纽约人民的心,并获得他们的接纳,成为正常的青少年。新朋友艾普尔也前来协助他们扳倒一个神祕的犯罪集团,但是当对方派出一支变种军团,他们很快发现根本就是自不量力。而剧中也出现了指纹识别,本来被怀疑的蒋广善最后也采取了大拇指指纹,但是并非凶手,那么作为警局的法医就很可疑。